计算机辅助药物设计已成为一门新兴的研究领域，在合理药物设计中发挥不可或缺的作用。
《常用计算机辅助药物设计软件教程》依据实际工作中各种软件的应用，介绍了分子动力学模拟、分子对接、蛋白质同源模建、定量构效关系的研究、药效团的构建、虚拟筛选等内容，且每一内容有不止一个软件的使用介绍，适合入门计算机辅助药物设计的广大师生参考使用。
从20世纪90年代开始，随着计算机技术的迅速发展以及药物化学、分子生物学和计算化学的发展，计算机辅助药物设计（CADD）也快速发展起来，成为一门新兴的研究领域。与此同时，CADD的发展和应用，也大大促进了药物设计和新药开发的效率，CADD现在已经成为合理药物设计中不可或缺的一环，在药物设计中起着越来越重要的作用。因此，CADD方法的理论和应用研究具有非常重要的意义。关于CADD的理论，很多教科书和专著已进行大量介绍，适合初学者学习理论知识，但是在实际中的操作，却鲜有基础书目可以参考。本书编者长期从事相关工作，根据在实际工作中对各种软件的应用，编写了本书，介绍计算机辅助药物设计时需要用到的部分软件的使用，以实现设计目的为导向，着重介绍软件的操作方法，使用过程中的细节与原理，可以使初学者迅速入门。本书内容包含了分子动力学模拟、分子对接、蛋白质同源模建、定量构效关系的研究、药效团的构建、虚拟筛选等内容，且每一内容有不止一个软件的使用介绍，希望能对入门计算机辅助药物设计的广大师生有所帮助。
本书的编写是从初学者的角度，手把手、一步一步介绍各软件的使用方法、功能，并配有图片，使初学者能够顺利学习。使用各种常用软件。
限于编者的水平有限，书中可能存在不妥之处，敬请广大读者批评和指正。
第一章 同源模建法预测蛋白质结构
第一节 同源模建概述
第二节 同源模建
第二章 分子对接预测结合位点
第一节 利用AutoDock进行分子对接
第二节 利用D0CK进行分子对接
第三节 利用Surflex-Dock进行分子对接
第四节 利用GOLD进行分子对接
第三章 蛋白质与核酸的分子动力学模拟
第一节 分子动力学概述
第二节 利用GROMACS进行纯蛋白分子动力学模拟
第三节 蛋白与小分子复合物的动力学模拟
第四节 核酸分子动力学模拟
第四章 利用OpenEye组件包进行虚拟筛选
第一节 软件简介
第二节 利用OpenEye组件包进行虚拟筛选
第五章 定量构效关系分析
第一节 CoMFA&CoMSIA
第二节 HQsAR
第六章 药效团
第一节 药效团介绍
第二节 利用Discovery Studio进行药效团模型构建
第七章 全新药物设计
第一节 概述
第二节 利用LigBuilder进行全新药物设计
第八章 作图软件PyMOL的应用
第一节 PyMOL简介
第二节 PyMOL基本操作
第九章 药物设计实例
第一节 利用OpenEye发现F．tularensis烯酰基载体蛋白还原酶FabI抑制剂
第二节 基于模建结构的虚拟筛选发现对虾黄头病毒蛋白酶抑制剂
第三节 基于药效团建模和分子对接的虚拟筛选发现？-分泌酶抑制剂
参考文献
彩图
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