苏州博物馆图书馆所藏中文古籍有10万余册（含卷轴、册页等），虽不云多，然可日精善，尤其是佛教经卷、地方文献、碑帖拓片、名人手稿等，均为极富特色的馆藏佳品。自2007年开展全国古籍普查始，苏州博物馆迄今已有56种古籍入选全国珍贵古籍名录，127种入选江苏省珍贵古籍名录，其中不乏历史文献性、学术资料性、艺术代表性俱佳的珍品。
《苏州博物馆藏古籍善本》收录了：妙法莲华经七卷，佛说天地八阳经，佛说阿弥陀经，杂阿含经五十卷，金光明经四卷金光明经忏悔灭罪传等珍品。
1 妙法莲华经七卷
2 佛说天地八阳经
3 佛说阿弥陀经
4 杂阿含经五十卷
5 金光明经四卷金光明经忏悔灭罪传
6 大隋求陀罗尼神咒经一卷
7 大隋求陀罗尼神咒经一卷（梵文）
8 佛说相轮陀罗尼经一卷
9 佛说相轮陀罗尼经一卷
10 金刚般若波罗蜜经
11 般若波罗蜜多心经
12 佛说观世音经
13 妙法莲华经七卷
14 大般若波罗蜜多经六百卷
15 大般若波罗蜜多经六百卷
16 大方广佛华严经疏一百二十卷
17 纂图互注扬子法言十卷
18 东莱吕太史文集十五卷别集十六卷外集五卷丽泽论说集录十卷附录三卷附录抬遗一卷
19 诗集传十卷
20 增刊校正王状元集注分类东坡先生诗二十五卷
21 古乐府十卷
22 乐府诗集一百卷目录二卷
23 天文秘略说不分卷
24 选诗补注八卷补遗二卷续编四卷
25 中说十卷
26 纂图互注苟子二十卷
27 上清灵宝济度大成金书四十卷
28 礼记集说十六卷
29 资治通鉴纲目五十九卷
30 十四经发挥三卷
31 晦庵先生五言诗抄一卷晦庵文抄七卷
32 琵琶记三卷新镌伯喈释义大全一卷
33 唐诗品汇九十卷拾遗十卷
34 资治通鉴纲目五十九卷首一卷
35 续资治通鉴纲目二十七卷
36 震泽编八卷
37 [弘治]昆山志十四卷
38 [正德]姑苏志六十卷
39 匏翁家藏集七十七卷补遗一卷
40 [正德]兴宁志四卷
41 东莱先生五代史详节十卷
42 阳山顾氏文房小说四十种五十八卷
43 六书正讹五卷
44 史记一百三十卷
45 金薤琳琅二十卷
46 荆川先生批点精选汉书六卷
47 刘须溪先生记钞八卷
48 吕氏春秋二十六卷
49 后汉书九十卷志三十卷
50 资治通鉴纲目五十九卷首一卷
51 东垣十书十九卷
52 新纂门目五臣音注扬子法言十卷
53 中说十卷
54 广文选六十卷
55 楚辞集注八卷辩证二卷后语六卷
56 白氏文集七十一卷
57 顾氏明朝四十家小说四十种四十三卷
58 玉台新咏十卷续玉台新咏五卷
59 古今说海一百三十五种一百四十二卷
60 何氏语林三十卷
61 古今合璧事类备要前集六十九卷后集八十一卷续集五十六卷别集九十四卷外集六十六卷
62 杨升庵辑要三种十二卷
63 周礼传五卷翼传二卷图说二卷
64 五岳山人集三十八卷
65 西山先生真文忠公文章正宗二十四卷
66 河岳英灵集三卷
67 晋二俊文集二种二十卷
68 周礼十二卷
69 六子书六十卷
70 仪礼注疏十七卷
71 骆宾王集二卷
72 百家类纂四十卷
73 吕氏春秋二十六卷
74 南丰先生元丰类稿五十卷续附一卷
75 楚辞十七卷疑字直音补一卷
76 五运六气不分卷
77 松筹堂集十二卷
78 大佛顶如来密因修证了义诸菩萨万行首愣严经十卷
79 孔丛子三卷
80 南华经十六卷
81 方氏墨谱六卷
82 尺牍清裁六十卷补遗一卷
83 国史经籍志六卷
84 韦苏州集十卷拾遗一卷
85 汉书评林一百卷
86 苏黄题跋二种十二卷
87 十六国春秋一百卷
88 石田先生集十一卷
89 孙子参同五卷
90 东坡文选二十卷
91 解庄十二卷
92 周礼注疏四十二卷
93 群芳清玩十二种十六卷
94 倪云林一卷附题画诗一卷
95 史记一百三十卷
96 史记一百三十卷
97 三国志六十五卷
98 文选六十卷
99 陶渊明全集四卷
100 甲申纪事十三卷
101 汤文正公文稿不分卷
102 笔梦不分卷
103 过墟志感二卷
104 山海经十八卷
105 御定历代题画诗类一百二十卷
106 刘禹锡中唐诗不分卷
107 圭美堂集二十六卷
108 说文解字十五卷
109 六一居士全集录二卷
110 周易古义不分卷
111 瓜泾徐氏家乘十卷
112 长吟阁诗集八卷
113 石朱批谕旨三百六十卷
114 息舫合刻不分卷
115 林外野言二卷
116 墨子十六卷
117 旧五代史一百五十卷目录二卷
118 王铁夫先生山游诗口口卷
119 诗册不分卷
120 论语集解义疏十卷
121 论语集解义疏十卷
122 张廷济日记不分卷
123 说文新附考不分卷
124 梧溪集七卷
125 锦里耆旧传八卷
126 游志续编一卷
127 吴郡文编二百四十六卷
128 潘世恩日记不分卷
129 思补堂文钞一卷
130 思补堂诗稿一卷杂录一卷
131 有真意斋诗集不分卷
132 消暑随笔一卷
133 读史随笔不分卷
134 东坡诗话不分卷
135 丙午使滇日记一卷癸丑锁闱日记一卷锁闱偶记一卷
136 蓼莪余咏一卷小鸥波馆文钞不分卷小鸥波馆文集不分卷
137 小鸥波馆诗钞十五卷
138 小鸥波馆词钞口卷岁可年谱不分卷花间笛谱一卷
139 小鸥波馆随笔一卷
140 西清偶笔一卷读史杂钞一卷
141 潘曾绶日记不分卷
142 香禅日记不分卷
143 百不如人室诗草不分卷文草不分卷词草不分卷
144 潘谱琴日记不分卷
145 竹山随笔不分卷
146 操缦堂诗口卷
147 复庄今乐府选不分卷
148 西算新法直解八卷
149 烯血丛钞四卷
150 周礼补疏十二卷
151 潘祖荫日记不分卷
152 洪钧日记不分卷
153 潘观保日记不分卷
154 经籍异文考三十卷
155 经籍异文考三十卷经籍异文一卷一
156 吴荫培日记不分卷
157 藏书纪事诗残帙不分卷
158 寒山寺志三卷
159 怀古堂诗选十二卷
160 怀古堂诗选二卷游黄山记一卷
《苏州博物馆藏古籍善本》四部索引
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