《中国近三百年学术史》详细研究十七、十八、十九三个世纪的中国学术史，阐释了学术发展的不同阶段及其相互转化的原因，从哲学和思想层面分析清代的学派、代表人物和典型作品，提出了诸多新见解，是公认的空前佳作。
一 反动与先驱
二 清代学术变迁与政治的影响（上）
三 清代学术变迁与政治的影响（中）
四 清代学术变迁与政治的影响（下）
五 阳明学派之余波及其修正
——黄梨洲
六 清代经学之建设
——顾亭林 阎百诗
七 两畸儒
——王船山 朱舜水
八 清初史学之建设
——万季野 全谢山
九 程朱学派及其依附者
——张杨园 陆桴亭 陆稼书 王白田
十 实践实用主义
——颜习斋 李恕谷
十一 科学之曙光
——王寅旭 梅定九 陈资斋
十二 清初学海波澜余录
十三 清代学者整理旧学之总成绩（一）
——经学 小学及音韵学
十四 清代学者整理旧学之总成绩（二）
——校注古籍 辨伪书 辑佚书
十五 清代学者整理旧学之总成绩（三）
——史学 方志学 地理学及谱牒学
十六清代学者整理旧学之总成绩（四）
——历算学及其他科学 乐曲学
索引二种编例
索引
《中国近三百年学术史》：
三清代学术变迁与政治的影响（中）
讲到这里，当然会发生两个疑问：第一，那时候科学像有新兴的机运，为什么戛然中止？第二，那时候学派潮流很多，为什么后来只偏向考证学一路发展？我现请先解答第一个问题。
学术界最大的障碍物，自然是八股。八股和一切学问都不相容，而科学为尤甚。清初袭用明朝的八股取士，不管他是否有意借此愚民，抑或误认为一种良制度，总之当时功名富贵皆出于此途，有谁肯抛弃这种捷径而去学艰辛迂远的科学呢？我们最可惜的是，以当时康熙帝之热心西方文物，为何不开个学校造就些人材？就算他不是有心窒塞民智，也不能不算他失策。因为这种专门学问，非专门教授不可。他既已好这些学问，为什么不找些传人呢？所以科举制度，我认为是科学不兴的一个原因。
此外还有很重大的原因，是耶稣会内部的分裂。明末清初那一点点科学萌芽，都是从耶稣会教士手中稗贩进来，前文已经说过。该会初期的教士，传教方法很巧妙。他们对于中国人心理研究得极深透。他们知道中国人不喜欢极端迷信的宗教，所以专把中国人所最感缺乏的科学知识来做引线，表面上像把传教变成附属事业，所有信教的人仍许他们拜“中国的天”和祖宗。这种方法，行之数十年，卓著成效。无奈在欧洲的罗马教皇不懂情形，突然发出有名的“一七〇四年康熙四十三年教令”。该教令的内容，现在不必详述。总而言之，是谈前此传教方法之悖谬，勒令他们改变方针，最要的条件是禁拜祖宗。自该教令宣布后，从康熙帝起以至朝野人士都鼓噪愤怒，结果于康熙四十六年一七o七年把教皇派来的公使送到澳门监禁。传教事业固然因此顿挫，并他们传来那些学问也被带累了。
还有一件附带原因，也是教会行动影响到学界。我们都知道康熙末年因各皇子争位闹得乌烟瘴气。这种官闱私斗，论理该不至影响到学问，殊不知专制政体之宫廷，一举一动，都有牵一发动全身的力量。相传当时耶稣会教徒党于皇太子允初，喇嘛寺僧党于雍正帝胤祯，双方暗斗，黑幕重重。后来雍正帝获胜，耶稣会势力遂一败涂地。这种史料，现时虽未得有充分证据，然而口碑相传，大致可信。雍正元年浙闽总督满宝奏请，除在钦天监供职之西洋人外，其余皆驱往澳门看管，不许阑入内地。得旨施行。这件事是否于宫廷阴谋有关，姑且不论。总之康熙五六十年间所延揽的许多欧洲学者，到雍正帝即位之第一年，忽然驱除净尽。中国学界接近欧化的机会从此错过，一搁便搁了二百年了。
其次，要解答“为什么古典考证学独盛”之问题。
明季道学反动，学风自然要由蹈空而变为核实——由主观的推想而变为客观的考察。客观的考察有两条路：一自然界现象方面；二社会文献方面。以康熙间学界形势论，本来有趋重自然科学的可能性，且当时实在也有点这种机兆。然而到底不成功者，其一，如前文所讲，因为种种事故把科学媒介人失掉了；其二，则因中国学者根本习气，看轻了“艺成而下”的学问，所以结果逼着专走文献这条路。但还有个问题，文献所包范围很广，为什么专向古典部分发展，其他多付阙如呢？问到这里，又须拿政治现象来说明。
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